为避免提取的核酸在柜内反复循环，造成标本之间的交叉污染，出现假阳性结果，该区域配备的生物安全柜必须是B2型的。生物安全柜工作区垂直气流全部来自实验室，排风经过过滤器(www.rfilter.com)过滤后直接排至室外，不允许回到安全柜和实验室中。
根据经验，如果实验室内配备生物安全柜，每配备一台，实验室的面积增加10m2;标本制备区的面积宜在25m2~30m2之间。本区的压力梯度要求为:相对于邻近区域为正压，以避免从邻近区进入本区的气溶胶污染。
扩增室该区域主要进行的操作为DNA或cDNA扩增。此外，已制备的DNA模板和合成的cDNA(来自样本制备区)的加入和主反应混合液(来自试剂贮存和制备区)制备成反应混合液等也可在本区内进行。
在巢式PCR测定中，通常在轮扩增后必须打开反应管，因此巢式扩增有较高的污染危险性，第二次加样必须在本区内进行。
扩增室主要配备PCR实验室的核心仪器PCR仪，本文实例中使用了ABI7500和ABI9700两种PCR仪。
在实验室建造过程中，需要给PCR仪配备专门的UPS电源，以保证其正常工作。该区面积控制在15m2~20m2。
本区的压力梯度要求为:相对于邻近区域为负压，以避免气溶胶从本区漏出。为避免气溶胶所致的污染，应尽量减少在本区内的不必要的走动。个别操作如加样等应在超净台内进行。建议采用5~10Pa压差，在控制上比较容易实现。
《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020）》明确提出了“蓝天工程”，加大力度支持工业污染废气治理技术与装备的研发，并落到实处，确保有效遏制目前大气环境日益恶化的势头。PCR实验室净化中，国家科技部下发的《“十二五”绿色建筑科技发展专项规划》也明确做出要求，要重点开发建筑室内无二次污染的材料和产品，研究室内空气净化系统和无污染产品工程应用技术。
使用一定浓度的空气负离子来净化空气并进行消毒，因为负离子容易被空气中的微小污染物颗粒吸附并变成带电的大离子。沉落在地面等的表面，从而使空气得到净化。
其PCR实验室净化的消毒方式除了紫外线照射、净化空气送风以外，可以在本次使用结束以后，以及下次使用之前，用消毒液擦拭。一般不采用臭氧消毒的方式。
通常，实验中的污染物来源是多种多样的，每种预防方法的性能都有自己的优势，针对不同的污染源正确地选择预防的方式，并将各种消毒方式与PCR实验室净化结合使用，各取所长，才能有效地达到预防实验污染的目的。如果只重视实验前的污染物去除，忽视了实验过程中的污染物，错误地使用甚至不使用空气净化装置，就不能达到实验所要求的PCR实验室净化条件，增加实验中污染的危险。
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