6.1 运行系统的管理
制定出系统的管理规程并严格执行，整体调控系统、运行系统和监测系统必须设专人管理。
6.2 维护性管理
整个洁净设备系统需设专门维修人员进行精心维护和修理，制定出有效可行的措施。（1）通风罩应每周清洁处理1次。（2）通风机的状况应每周检测。（3）过滤设备定期检查、维修和保养，以保证过滤设备的正常运转与良好性能。初、中效过滤器每隔30天检测一次，并用洗涤剂清洗，备用一套，以备清洗时使用。根据使用情况，初、中效过滤器应该每隔3～6个月更换一次，在更换前过滤器应是干的。在未装初、中效过滤器前设备不能运行，这样才能延长价格较贵的过滤器的使用寿命。同时，洁净室周围环境的清洁、空调送风过滤系统的正常运行和严格的使用管理规范，也是延长空气过滤器使用寿命的关键。（4）风淋室运行2年后，应检查进出门的密封性。
6.3 机房的管理
专人管理，控制净化空调设备的运行和停止。清扫并保持机房卫生。对净化手术室运行情况进行记录。
手术室的污染源主要有来自外部和来自手术室内部的两部分：
1、来自外部的污染源主要是送到手术室的新风。具统计室外空气中的细菌和微生物的数量大约为1-1000个/英尺3，而且这些细菌和微生物大多都附着在灰尘粒子上，不同地区的污染程度也不相同。
2、来自洁净手术室内部的污染源，主要是手术的医生和护士、手术的患者以及手术过程的产菌产尘。
内部污染源是手术医生、医生和护士等人，他们的衣服、皮肤和呼吸都会产生大量的尘埃和细菌，产生灰尘和细菌的数量与他们的着装、动作的强度和频度、医生的技能、消毒的程度以及管理的水平有关。因此，进入手术室的医护人员除穿贴身内衣外要全部更换手术室的服装、帽子、口罩和鞋。
帽子要把头发全部覆盖并尽量减少外露的皮肤，手术的动作要轻，手术器械的传递要稳、准。
洁净室又可称作无尘室（Cleanroom），通常用作工业生产或科学研究的一部分，包括制造药品，集成电路，CRT，LCD，OLED和microLED显示器等。洁净室的设计是为了保持ji低水平的微粒，如灰尘，空气中的生物体，或汽化的微粒。确切地说，洁净室有一个受控的污染水平，该水平由在的颗粒尺寸下每立方米的颗粒数来规定。洁净室也可指任何给定的容纳空间，在该空间中设置了减少微粒污染和控制其他环境参数，如温度，湿度和压力。
在药学意义上，洁净室是指符合GMP无菌规范（即EU和PIC/S GMP指南附件1以及当地卫生当局要求的其他标准和指南）中定义的GMP规范要求的房间，是将普通房间转换为洁净室所需的工程设计、制造、完成和操作控制（控制策略）的组合。
很多行业会使用无尘室，只要是小颗粒会对生产过程产生不利影响的地方都会有洁净室的身影。它们的尺寸和复杂度各不相同，广泛应用于半导体制造，制药，生物技术，和生命科学等行业，以及航空航天，光学，和能源部中常见的关键工艺制造。
洁净室通过使用HEPA或ULPA过滤器，采用层流（单向流）或湍流（乱流，非单向流）气流原理，来控制空气中的颗粒。层流或单向气流系统将过滤的空气以恒定的流向下或水平方向引导到位于洁净室地板附近墙壁上的过滤器，或通过凸起的穿孔地板板进行再循环。
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